El Consorci compta amb els següents òrgans de govern i gestió:
És l’òrgan que té atribuïdes les més àmplies competències per a la direcció i govern del Consorci. Com a funcions més destacades serien les d’aprovació dels pressupostos, els programes de gestió i les memòries d’activitat.
Està format per 3 representants del Departament de Medi Ambient i Habitatge, 3 del Departament d’Agricultura, Alimentació i Acció Rural, 3 de la Diputació de Lleida, 2 del Consell Comarcal del Pla d’Urgell, 1 de l’Ajuntament d’Ivars d’Urgell, 1 de l’Ajuntament de Vila-sana i 1 de la Universitat de Lleida.
Els estatuts preveuen la possibilitat que assumeixi les competències delegades pel Consell General.
Formada per set membres designats pel Consell General entre els seus components, a raó d’un membre per cada una de les administracions o entitats que integren el Consorci a proposta d’aquestes últimes.
És qui ostenta la representació més alta del Consorci. Convoca i presideix les sessions del Consell General i executa i fa complir els seus acords. La presidència del Consell General correspondrà, per torn rotatori cada sis mesos, i per aquest ordre, al conseller Agricultura, Alimentació i Acció Rural, al conseller de Medi Ambient i Habitatge, al president de la Diputació de Lleida, al president del Consell Comarcal del Pla d'Urgell.
És l’òrgan d’integració dels agents del territori que informa i valora les actuacions que realitza el Consorci i emet propostes per a l’ús i la gestió de l’espai.
És la persona que, d’acord amb les directrius del Consell General, porta a terme la coordinació de les actuacions del Consorci i del projecte de recuperació, el seguiment ecològic i la gestió de l’ús públic.
Correspon a l'equip tècnic integrat a la plantilla de personal aprovada pel Consell General.